宮古島の宮古空港、沖縄本島の那覇空港ともに屋久島の屋久島空港への直行便はありません。宮古空港から那覇空港、那覇空港から鹿児島空港、鹿児島空港から屋久島空港へ行くのが正解です。
宮古 → 那覇 → 鹿児島 → 屋久島 の格安航空券の探し方
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⇒ トラベリスト
下記の通り、
出発空港に「宮古/宮古(下地島)」、到着空港に「沖縄(那覇)」を選んで検索、
出発空港に「沖縄(那覇)」、到着空港に「鹿児島」を選んで検索、
さらに出発空港に「鹿児島」、到着空港に「屋久島」を選んで検索するだけです。