神戸にある神戸空港から屋久島空港への直行便はありません。神戸周辺からは伊丹空港(大阪)へバスや電車で行き、伊丹空港からの直行便で屋久島へ行くと良いです。なお、神戸空港から鹿児島空港を経由して屋久島空港へ行くことも可能です。
神戸から伊丹空港へは、神戸三宮駅から出ている直通バスが便利です。
神戸三宮駅から伊丹空港へのバス（1,070円、 40分）
神戸三宮駅 →(1,070円、約40分)→ 伊丹空港ターミナル
伊丹 → 屋久島 の格安航空券の探し方
下記サイトで最安値の航空券が見つかります。
⇒ トラベリスト
下記の通り、出発空港に「大阪(伊丹)」、到着空港に「屋久島」を選んで検索するだけです。
伊丹 → 屋久島 へは2時間
伊丹空港 → 屋久島空港 へは2時間です。